Второй экземпляр бумажного счета-фактуры можно не распечатывать, а хранить электронно

Счет-фактура может быть сформирован на бумажном носителе или в электронной форме. Первый экземпляр счета-фактуры, составленного на бумажном носителе, выставляется покупателю, второй — остается у продавца.

А можно ли продавцу, выставившему покупателю бумажный счет-фактуру,
не распечатывать второй экземпляр, а хранить его в электронном виде?

Можно, разъясняет ФНС России в письме от 06.09.2017 № СД-4-3/17731@.
Только он обязательно должен быть подписан усиленной квалифицированной электронной подписью руководителя и главного бухгалтера организации либо иных уполномоченных лиц.